発見の歴史
1960年代半ばにＡ型肝炎とＢ型肝炎の原因となるウイルスは発見されていましたが、輸血後の原因不明な肝炎は非Ａ非Ｂ型肝炎と呼ばれていました。1989年に米国のカイロン社が輸血後非Ａ非Ｂ型肝炎の原因ウイルスとして、Ｃ型肝炎ウイルス（HCV）の遺伝子の一部を発見することに成功しました。1990年にはHCVの全塩基配列が発表されました。
ウイルスの構造
HCVは直径約50nmの球状粒子で、２種類の外被（envelope）と芯（core）の二重構造を有しています。coreの中には、9,500塩基からなるHCV遺伝子の一本鎖のRNAが存在し、ウイルスの構造たんぱく（envelope、core）をつくる領域（E1、E2、Ｃ）と、構造たんぱくの合成を手助けする酵素（プロテアーゼやポリメラーゼなど）などをつくる領域（NS2～NS5B）から構成されています。
遺伝子型
HCV遺伝子は主に１型〜７型の７つの遺伝子型（genotype）に分けられます。日本では、HCV感染者の約70％が１型、ついで２型で、３〜７型はわずかです。genotypeを簡便に測定する検査が血清型（serogroup）です。１型は２型よりもインターフェロンを用いた治療法が効きにくいことがわかっています。
ウイルスの生活環
HCVがレセプターを介して肝細胞に感染し、粒子よりウイルスRNAが放出され、これがメッセンジャーRNAとして働き、翻訳が開始され、大きな前駆体たんぱくが合成されます。前駆体たんぱくからウイルス粒子の構造たんぱくであるcoreとE1、E2の２つのenvelopeが作られます。ゲノムRNAからマイナス鎖RNAが転写され、これを基にプラス鎖RNAが合成され、coreたんぱくと結合し、さらにenvelopeたんぱくと結合し、ウイルス粒子が成熟し、細胞膜に達して細胞外へ放出されると考えられています。