体内にＣ型肝炎ウイルス（HCV）を持ち続けるHCVキャリアの大部分とＣ型急性肝炎の一部が抗ウイルス療法の対象となります。
治療の目的
HCVキャリアの多くは慢性肝炎を発症し、長期経過後に高率に肝硬変、肝がんへと進展するので、それを阻止するために抗ウイルス療法を行います。すでに肝硬変に進展している人も、さらに進んだ肝硬変、肝がんの発症を抑えるために対象となります。HCVキャリアは肝がんの主要な原因です。
インターフェロン
日本でも1992年よりC 型慢性肝炎に対して HCVを体内から排除するインターフェロン（IFN)という注射薬が使われてきました。IFNのペグ化やリバビリンなど飲み薬（経口薬）の併用など治療法の改善により、年々有効率が高くなっていましたが、副作用が多く、うつ症状、間質性肺炎、貧血、皮疹など重い副作用がでることもあるので、肝機能検査が正常な人には、治療は行わずに経過を見ていました。肝機能検査のALTが高値で進展の危険はありますが、IFN治療が行えない時には、グリチルリチン製剤（商品名：強力ネオミノファーゲンシー静注）の注射薬やウルソデオキシコール酸（商品名：ウルソ錠）などの経口薬で肝臓の炎症を抑える治療をしていました。
経口薬
2014年よりDAA（直接作用型抗ウィルス剤）と呼ばれる経口薬のみでHCVを体内から排除する「IFNフリー治療」ができるようになり、現在ではグレカプレビル・ピブレンタスビル（商品名：マヴィレット配合錠）、レジパスビル・ソホスブビル（商品名：ハーボニー配合錠）などの経口薬を8～12週間服用することにより、ほとんど副作用がなく、95％以上の人で、HCVを体内から排除することができるようになっています。薬の選択のため、HCVのタイプ（遺伝子型：ゲノタイプ、血清型：セログループ）を検査します。
C型急性肝炎
HCVに感染し、肝炎を発症すると、約30％の人は一過性の急性肝炎で治癒しますが、残りの約70％の人はHCVキャリアとなりますので、Ｃ型急性肝炎を発症して、慢性化の兆候がみられた時には抗ウイルス療法の対象となります。